Nuestro Magento puede responder por varias URLs a la petición de la página de Home, de esta forma:
– https://dominio.com
– https://dominio.com/
– https://dominio.com/index.php
… y así con varias más
La solución está en añadir o bien entre las etiquetas de tu tema esta línea, o bien, añadir la línea en el backend en el head del tema, si es que te lo permite el tema:

<link rel="canonical" src="https://dominio.com/" src_type="url" />