Si no nos interesan los logs, borraremos todos los registros de las tablas
log_customer
log_visitor
log_visitor_info
log_url log_url_info
log_quote
report_viewed_product_index
report_compared_product_index
report_event
catalog_compare_item

Se puede meter en cron para que salte la limpieza 1 vez al mes, por ejemplo:
php -f shell/log.php clean

También puede hacerse en la interfaz del administrador: Sistema->Configuración->Avanzado->Sistema->Log
Habilitamos la limpieza de logs y definimos la frecuencia de borrado. Guardamos y ya está todo.

Si nos interesan (por temas de estadísticas de visitas), dejaremos los del último mes o los 2 últimos meses.