Cuando, después de una actualización vía código de los productos y/o sus categorías y atributos, necesitamos reindexar de nuevo las tablas implicadas en el proceso, podemos hacer:

$coleccion = Mage::getModel('index/process')->getCollection();
foreach ($coleccion as $indice) {
    $indice->reindexAll();
}

para reindexar todas las tablas, o bien, si sólo necesitamos reindexar un conjunto determinado de tablas, podemos hacer:

$proceso = Mage::getModel('index/indexer')->getProcessByCode('xxx');
$proceso->reindexAll();

/* donde xxx puede ser
catalog_product_attribute     Productos: Atributos
catalog_product_price         Productos: Precios
catalog_url                   Catalogo: reescritura de URLs 
catalog_product_flat          Productos: Flat Data
catalog_category_flat         Categorías: Flat Data
catalog_category_product      Categorías: Productos de una categoría
catalogsearch_fulltext        Catalogo: Indexación de búsquedas
cataloginventory_stock        Estado de Stock
tag_summary                   Productos: Etiquetas
targetrule                    Reglas 
*/